“闇之书事件”（参照魔法少女奈叶A's）的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人，怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的梦想实现而加入时空管理局，并以一流魔导师的身分活跃。　　在此当中，出现了新发现的太古遗产“圣遗晶石”（レリック），以及以此为目标而出现的谜样机械兵

　　千叶县立总北高中的新生小野田坂道（山下大辉 配音）是一个地地道道的动漫宅男，他身形瘦小，貌不惊人，动漫元素占据了他的脑瓜。无奈初中时代没遇到任何同好，好不容易升上高中，却发现梦寐以求的动画研究部因人数太少而废部。这个与周遭格格不入最喜欢蹬着自行车前往45公里外的宅男圣地秋叶原购买新出的游戏和手办

　　故事发生在名为鹿缟的城市中。因为同暗恋的女生神泉安菜（堀江由衣 配音）告白被拒绝，平凡的少年大佛弹（植田佳奈 配音）决定前往鹿缟山换换心情。没想到，这居然成为了改变大佛弹一生的一趟旅途。目击到外星飞船坠毁地球的场面的大佛弹成为了事故的牺牲者，为了挽救无辜，事件的始作俑者宇宙仁（藤原启治 配音）重

　　为了纪念着一去不复返的夏天，喜爱摄影的少年雾岛海人（岛崎信长 配音）决定和朋友们自导自演一部影片。正当影片准备动工之时，陌生女孩贵月一花（户松遥 配音）的身影吸引了海人的视线。海人被一花的外表和性格深深的吸引着，而这位行为举止有些怪异的转学生似乎隐藏着什么不可告人的秘密。　　长相幼稚身材却姣好的

　　日本伊豆群岛中有一个名为六轩岛的岛屿，该岛是富豪右代宫家的私人领土，有关于该岛的流言从未停息。一条游轮正向岛屿驶来，船上乘坐的均为右代宫家族的族人，他们来到六轩岛，是为了参加一年一度的家族会议。岛主右代宫金藏（麦人 配音）因沉迷于黑魔法研究和酗酒身体早已不堪重负，族人们此行正是为了讨论他巨额遗产

　　鸨羽舞衣与弟弟巧海在摇摆的邮轮上等待到案，他们的目的地是名为“风华学园”的高等学校。父母双亡的舞衣意外获得了风华学院的奖学金，决定与弟弟一起转到这所学校。　　大海航行之中，舞衣突然发现大海上漂流的一名少女。这名抱着大剑的少女名叫美袋命，舞衣将她救上船。随后，船上又出现一名名叫玖我夏树的神秘长发女

　　一之濑双叶（高桥李依 配音）是一位从样貌到个性都十分平凡的少女，将成为声优当做梦想的她最近刚刚出道，然而，惨淡的现实令双叶知道，自己和梦想之间的距离依旧十分遥远。　　五岁时就已经出道，至今已有十年艺人资历的可靠少女小花铃（高野麻里佳 配音），同样是新人，想要向偶像派声优发展的萌咲莓（长久友纪 配

　　齐木楠雄（神谷浩史 配音）是一名十六岁的高中二年级学生，从一出生开始，他便是一名全能超能力者，几乎掌握了一切叫得上名字的超能力，这表面上让人无比羡慕的特质却让齐木楠雄的生活陷入了无聊的绝望之中，因为他几乎不用付出任何的努力，便可以为所欲为。于是，齐木楠雄封印了自己的超能力，致力于做一个默默无闻的

　　半年前的一连串遭遇，彻底改变了三年级小学生高町奈叶（田村由香里 配音）的人生，她以魔法少女的身份邂逅了可爱的小伙伴尤诺·斯克莱亚（水桥香织 饰），并通过连番激战与深锁着无数秘密和烦恼的菲特·泰斯特罗莎（水树奈奈 配音）成为莫逆好友。新学期开始，菲特以小学生的身份转入奈叶的班级，一切看似进入了平稳

　　故事的地点发生在这个整年都会不可思议地开着樱花而出名的新月型岛--初音岛。　　梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一进入风见学园，继续过着校园生活。他的口头禅“好困”消失了，变成了勤勉努力，热衷体育的开朗青年。此